Склеп Троицкого собора — место временного захоронения алапаевских мучеников.

Место временного захоронения Алапаевских мучеников — Склеп, каменное сооружение, изначально предназначенное для хозяйственных нужд собора. В советское время долгое время находился в запустении. Склеп был засыпан шлаком, отходами кочегарки Алапаевского хлебозавода. С передачей храмового здания Церкви, с 1991 года начались восстановительные и реставрационные работы в соборе, 8 августа 1999 года Свято- Троицкий собор освятил архиепископ Екатеринбургский и Верхотурский Викентий. Началось восстановление святыни, Склепа. Расчистка была выполнена к приезду Патриарха всея Руси Алексия II, посетившего Свято-Троицкий собор, за два года до празднования храмом своего 300-летия.
Свято-Троицкий собор — один из стариннейших храмов Екатеринбургской епархии. Храм построен в 1702 году на средства прихожан, жителей Нейво-Алапаевского завода, однопрестольный в честь св. человека Божия Алексия. Впоследствии в разные годы были пристроены колокольня и два придела в честь Пресвятой Троицы и Архистратига Михаила. Большие размеры и три придела дали основание Святейшему Синоду присвоить храму в 1912 году статус собора. Период гонений на Церковь не обошел и этот храм, с 1932 по 1992 год, храм пребывал в поругании в нем размещался хлебозавод. С 1992 года Свято-Троицкий собор является архиерейским подворьем. Этот храм (как и храм св. Екатерины, нынешнее подворье монастыря) посещали в 1918 году Великие князья Романовы и Святая Елисавета, находясь под стражей в Напольной школе. Как членам Императорской фамилии им оказывалось со стороны священства внимание, но посещение церкви было единственным утешением для князей только в первый месяц пребывания в Алапаевске.

28 сентября 1918 г. в город вступили части 15-го Курганского Сибирского стрелкового полка под командование полковника И. С. Смолина. В Алапаевске была создана Временная Военно-Следственная Комиссия, председателем комиссии был назначен прапорщик М. Ляховский. Следователем по Делу убийства князей Дома Романовых был назначен Член Екатеринбургского Окружного Суда Иван  А. Сергеев. Старшим милиционером Т. Мальшиковым, этим прирожденным сыщиком было обнаружено место злодеяния, каменно-угольная Нижне-Селимская Шахта. С 7 по 11 октября на поверхность были подняты все тела мучеников (Тело Великой княгини Елисаветы Феодоровны было поднято 11 октября). Медицинскую экспертизу проводили в здании катаверной (морга), находившейся радом с Екатерининской церковью. Экспертиза установила причину мученической кончины Романовых. На месте катаверной 27 июня 2003 года был установлен Памятный Крест.

Останки преподобномучениц Елисаветы, Варвары и тела Великих Князей в 1918 г. пребывали в обоих храмах города Алапаевска. 18 октября тела были перенесены в Екатерининскую церковь, где была отслужена заупокойная всенощная. «Народу было так много, что не только заполнен был храм, но и вся окружающая площадь храма. Утром 19 октября из Свято-Троицкого собора пришли крестным ходом в кладбищенскую церковь, где отслужили панихиду, и с пением „Святый Боже“ гробы понесли в собор, где была совершена заупокойная Литургия, а после таковой отпевание мученически пострадавших Августейших Страстотерпцев. На отпевании было еще больше народу, ибо собрались люди не только Алапаевска, но и из окрестных деревень. Многие плакали навзрыд. …После отпевания певчие пели трогательные стихиры святого Иоанна Дамаскина, народ прощался с мучениками, а после прощания гробы были взяты на руки и при пении многолюдного хора „Святый Боже“, похоронном перезвоне колоколов и духовной военной музыки „Коль Славен“ были перенесены в каменный склеп, по правую сторону алтаря собора, где были поставлены и вход в склеп заложен кирпичом». Так мог описать похороны Алапаевских мучеников, несомненно, человек, который мог непосредственно участвовать при этих событиях.

Игумен Серафим (Кузнецов), сопровождавший тела Алапаевских мучеников через Сибирь в Китай и далее во Святую Землю Иерусалим, в своих воспоминаниях указал на то, что Заупокойную службу служили собором духовенства в числе 13 протоиереев и священников.

При отступлении Белой Армии на восток, Алапаевск был оставлен без боя, но при этом было принято решение вывезти тела Алапаевских мучеников с отступавшими частями по железной дороге в Сибирь. 14 июля 1919 года восемь гробов погрузили в товарный вагон, при этом сохранился рассказ как это происходило. Специально к вагону, стоявшему на железнодорожных путях на противоположном берегу речки Алапаихи, от склепа протянули канатный трос, по которому переправляли гробы прямо в вагон. Остались также воспоминания, что какое-то время после отправления гробов из Алапаевска в Склепе горела лампада.